孤獨癥該障礙為慢性病程，預后較差，約2/3患兒成年后無法獨立生活，需要終生照顧和養護。影響預后的因素主要包括：智商、5歲時有無交流性語言、教育訓練情況。如能早期進行有計劃的醫療和矯治教育、并能長期堅持，有助于改善預后。

預防是降低孤獨癥出生風險的重要措施。在女性懷孕早期，即胚胎神經管形成和發育期，應避免濫用藥，特別是抗癲癇類藥物；避免病毒性感染；避開冷熱溫差變化較大的環境；以及避免受重大精神刺激和創傷等。